Výzkum
Posttotalitní období v ČR po roce 1989 otevřelo bránu pokročilým technologiím, které odborným pracovníkům přinesly zcela nové možnosti při terénním i laboratorním výzkumu živočichů a stejně tak při následném zpracování získaných výsledků (například díky digitalizaci dat v PC, výkonným statistickým programům, GPS navigaci, mapám a softwarům GIS, dostupnosti moderních přístrojů, využití genetických analýz zkoumaných živočichů a v neposlední řadě též díky neomezenému přístupu k informacím – světové odborné literatuře a možnosti komunikace s kolegy na mezinárodní úrovni).
Zoologie (přírodní vědy obecně) se díky tomu (a pravděpodobně i kvůli mnohonásobně vyššímu počtu studentů přírodovědeckých fakult) dostala na zcela jinou úroveň, vyžadující mimořádné nároky na vědecké pracovníky, přesněji na jejich týmy (dokonalá znalost angličtiny, statistiky a různých speciálních dovedností z jiných přírodovědných a technických oborů, schopnost stanovit nové hypotézy, vytvořit kvalitní design výzkumu k jejich ověření či zamítnutí, formulování teorií zobecňujících výsledky výzkumu, jejich publikování, aj.). Současná věda se tak prakticky nedá dělat bez napojení na nějaký univerzitní či akademický tým. Soutěž o granty a hodnocení vědců na základě publikování výsledků v impaktovaných časopisech pak způsobily, že některé klasické výzkumné aktivity přestaly být vědci vyhledávány, protože výstupy z nich jsou v impaktovaných časopisech přijímány jen výjimečně. To se týká i faunistiky, která se u dobře prostudovaných taxonů a regionů (např. ptáků, brouků a motýlů v Evropě) stala spíš koníčkem mnoha amatérů s často vynikajícími determinačními schopnostmi, avšak obvykle bez ambicí na vědecký přístup ke své výzkumné činnosti (zejména na design sběru dat a statistické zpracování výsledků svých pozorování).
Hlavním úkolem muzea je (dle některé z definic) zkoumat, získávat, zprostředkovávat, vystavovat a uchovávat hmotné i nehmotné doklady, informace o člověku a jeho prostředí. Je skutečností, že znalosti o historii výskytu živočichů a jejich uchování na regionální úrovni jsou často hlavním úkolem muzejních zoologů, přičemž je pravdou, že zoologické oddělení ZČM je centrem faunistického výzkumu některých živočišných skupin v západních Čechách. Pro řešení tohoto úkolu se přímo nabízí možnost využít pomoc amatérských spolupracovníků na principech takzvané „občanské vědy“ (citizen science) k faunistickým výzkumům postaveným na vědeckých principech, v ideálním případě k monitoringu – dlouhodobě opakovaným průzkumům stejných území (lokalit). Příkladem monitoringu je sledování výskytu netopýrů v západních Čechách zoology ZČM, které započalo již v šedesátých letech dvacátého století, přičemž každoroční kontroly počtu netopýrů jednotlivých druhů na stejných zimovištích se konají nepřetržitě již od roku 1992 dodnes.
Odborní pracovníci zoologického oddělení spolupracují s mnoha amatéry ve svých oborech a využívají jejich pomoc. Jako příklad lze uvést ornitologický výzkum. Účast (celkem) více než 80 ornitologů (v naprosté většině amatérských – členů Západočeské pobočky České společnosti ornitologické při Západočeském muzeu v Plzni) byla pro několik ornitologických projektů zoologického oddělení zcela zásadní. Díky nim máme dnes (do roku 2019) k dispozici nejen více než půl milionu záznamů o výskytu jedinců jednotlivých ptačích druhů v západních Čechách (s převahou údajů z Plzeňského kraje), ale hlavně díky společným sčítáním máme ke dnešku podrobně zpracována území o celkové ploše 2552 km2, což je 24 % rozlohy západních Čech. Na těchto územích bylo v okolí 11931 přesně lokalizovaných bodů provedeno 23323 bodových sčítání, při kterých bylo pozorováno minimálně 283060 jedinců 144 ptačích druhů. Takovou podrobností kvantitativního ornitologického výzkumu (4,7 sčítacích bodů/km2) na tak velkém území se nemůže pochlubit žádný jiný region, přičemž každým rokem jsou získávána další nová data. Současně byly co nejpodrobněji popsány i přírodní podmínky v území v době sčítání, detailně uvedena metodika sčítání a vyhodnocení výsledků (popis statistických postupů) a samozřejmě především také vlastní výsledky – početnost a rozšíření jednotlivých druhů ptáků vzhledem k různým biotopům v území. To by mělo zaručit opakovatelnost výzkumu i po mnoha letech jinými ornitology přesně stejným způsobem – na stejných bodech, stejnou metodikou a stejným způsobem zpracování výsledků – a zároveň také umožnit v budoucnu interpretaci původních výsledků novými či jinými statistickými postupy. Díky tomu (snad) bude možné testovat i v daleké budoucnosti, zda se změnila početnost a rozšíření jednotlivých ptačích druhů v sledovaných územích západních Čech oproti původnímu stavu, a hledat příčiny těchto změn.
Výsledky takto vedených faunistických výzkumů mohou být kromě k opublikování nových poznatků o výskytu, početnosti a ekologických nárocích sledovaných druhů živočichů využity i prakticky (aplikovaně), například pro doporučení postupů (managementu) při ochraně přírody v daném území nebo i pro jiná rozhodnutí o plánovaných změnách tamního prostředí. Zmíněné ornitologické výzkumy byly takto použity různou formou několikrát: publikací doporučených postupů při ochraně vyskytujících se vzácných a ohrožených druhů v daném území (Vacík R. 2011: Výskyt vzácných a ohrožených druhů ptáků v Branžovském hvozdu. – Sborník ZČM Příroda, 114: 114 s.), prezentací (přednáška pro senátory a ministra životního prostředí před rozhodováním o vyhlášení CHKO Český les), nebo poskytnutím/převzetím dat (např. pro zonaci a plán péče v Českém lese, pro stanovení biokoridorů v Plzni, při plánování trasy dálnice – obchvatu Plzně, atd.). Podobně byly k ocenění přírodních hodnot posuzovaných území použity i výsledky (arachno)entomologických výzkumů (například v Kamenci či na Šlovickém vrchu).
Výzkumné úkoly jsou od roku 2009 zaměřeny dle specializací stávajících zoologů oddělení především na faunistiku a ekologii ptáků (R. Vacík), pavouků (I. Hradská) a (střevlíkovitých) brouků (I. Těťál). S příchodem lepidopterologa Jana Waltera v roce 2019 se další cílovou skupinou výzkumu zoologického oddělení stávají po dlouhé době znova i motýli. Ivana Hradská se současně vedle výzkumu pavouků věnuje také studiu paleontologie – konkrétně karbonských pavoukovců. V tomto směru dosáhla i největšího publikačního úspěchu zoologického oddělení – její článek byl přijat do impaktovaného časopisu (Hradská I. & Dunlop J. 2013: New records of Pennsylvanian trigonotarbid arachnids from West Bohemia, Czech Republic. – The Journal of Arachnology, 41:335–341).
V neposlední řadě je nutné upozornit na to, že obrovské množství terénních záznamů je nutné digitalizovat (přepsat do databází) a sběry konzervovat či preparovat – velmi důležitou součástí našeho týmu jsou tudíž i dokumentátorka Michaela Říšová, která vedle přepisu dat pořizuje i krásné dokumentační fotografie, a preparátorka Šárka Vančurová, která se podílí i na terénních ornitologických pracích.